마르틴 루터(Martin Luther)로부터 시작한 프로테스탄트 교회들이 설립된 후, 교황 바울로 3세는 갈려나간 교회와의 마찰로 인해 발생되는 문제들을 해결하기 위해 프로테스탄트 교회와의 화해를 시도해 보았다. 그러나 양 교회의 지도자들이 모인 1541년의 회의가 허사로 돌아가자 교황께서는 방향을 돌려 가톨릭 교회 안에서의 개혁을 시도하게 된다(Counter-Reformation). 1542년 교황께서는 트렌트공의회의 첫 회합을 소집하셨다. 1545년에서 1563년까지 열린 이 공의회에서 다룬 교회 음악에 관한 것은 아주 작은 분량이었지만 1564년 Pius IV 교황에 의해 공포되었다.
교회 음악으로 다룬 주제들은 당시 교회음악의 문제점 모두를 보여주는 것이라 할 수 있다.
1) 교회 음악의 세속화 문제이다.
음악사상 처음으로 미사통상문 전체가 작곡되기 시작하면서(이전에는 이른바 세트?로 된 미사곡의 형태가 아니었음) 유럽의 유명한 작곡가들은 그레고리오 성가의 선율을 이용하거나 심지어는 세속노래, 특히 샹송을 미사곡의 정선율로 선택하여 미사곡으로서의 통일성을 이루려 하였다. 물론 당시의 한 작곡사조임에는 틀림이 없지만 이런 과도한 세속곡의 이용은 교회음악의 속화를 초래하였다.
2) 많은 성부를 이용한 다성음악은 신자들로 하여금 가사를 알아듣지 못하게 하고 의미를 파악하지 못하도록 하였다.
3) 너무나 많은 전례음악들의 변형들이 등장하였다. 그 예를 우리는 Sequences(부속가)들에서 보게 된다. 헤아릴 수 없을 정도의 많은 부속가들이 지방마다 다르게 등장함으로써 교회 음악의 혼란을 주게 되었다.
4) 교회 전례 안에서의 과도한 악기사용, 특별히 "시끄러운 악기"를 사용하는 것이 문제가 되었다.
5) 전례 때에 취하는 가수들의 불경스러운 태도, 빈약한 발음이나 창법이 교회음악의 문제점으로 등장하게 되었다.
이런 문제들에 대해 공의회의 즉각적인 대응은 다분히 전례적이었다. trope의 사용을 금하고, 부속가의 사용도 단지 네 개만을 허용하였다. 그 외의 조치는 각 교구마다 시행하도록 권한을 주었다. 또 공의회는 성가의 작곡 때에 외설적이고 세속적인 소재의 사용을 금함으로써 진실로 "하느님의 집이 기도의 집이 되도록" 조치하였다. 이때 지시되고 이루어진 음악 형식, 제정된 트렌트미사는 1963년 바티칸 제2차 공의회 때까지 사용되어왔다.
