가톨릭에서는 일반적으로 하느님이라고 하고 개신교에서는 하나님이라고 한다. 이렇게 표현이 다르게 된 것은 원래 천주교에서는 천주님이란 말을 써 왔는데 제 2차 바티칸 공의회 이후 갈라진 형제들과의 교회일치 운동의 하나로 1971년 공동번역 성서를 만들기로 했는데 하느님을 ‘하느님’으로 표기하기로 양측대표들에 의해 협의되었다. 가톨릭에서는 이를 받아들여 ‘하느님’이라는 용어를 사용했는데 일부를 제외한 개신교에서는 양측대표의 협의를 무시하고 ‘하나님’으로 쓰기를 주장하고 있다.
이는 본래 만주 우장 지방에서 성경을 처음 번역할 당시 서양선교사들이 신의주 행상꾼의 도움을 받으면서 당시 서북지방의 사투리이던 ‘하날’을 ‘하나님’으로 잘못 기록한데서 비롯된 것이다. 한국말의 옛말인 ‘하날’에도 깊은 까닭은 있으나 국가 표준말이 하늘이고, 애국가에도 엄연히 하느님으로 되어 있으니 하느님이 옳은 표현이라 하겠다. 또 몇몇 개신교에서는 천주교나 불교가 우상숭배한다고 오해하여 자기네는 다신교가 아니라 유일신교라는 것을 강조하기 위해 하나님으로 쓴다고 하고 있으나 이는 새로 꾸며 낸 말일 뿐 최고 절대자의 우리말 지칭은 하느님이란 표현이 옳은 것이다. 그러나 하느님이든 하나님이든 그것은 우리 신앙에 큰 장애가 되지는 않으며, 어느 단어도 절대자 그분을 표현 할 수 없는 상대적인 것이라면 문제가 되지 않는다.