오늘날의 프랑스 북동부 알자스(Alsace) 지방 에기스하임(Egisheim) 태생인 성 레오 9세는 황제의 측근인 후고(Hugo) 백작 밑에서 훌륭한 교육을 받아 독일어권에서 살았지만 프랑스어에도 능통하였다.

브루노(Bruno)라는 속명으로 불린 그는 툴(Toul)에서 교육을 받았는데, 이미 학교에서도 뛰어난 재능을 보였다.

그런데 소년 시절에 뱀에 물려 생사의 기로에 있을 때 성 베네딕투스(Benedictus)의 환시를 보고 기적적으로 치유된 경험이 그의 일생을 사로잡았다. 1027년 9월 9일 툴(Toul)의 주교로 착좌한 그는 성직자들의 기강을 바로잡는 일부터 착수하여 큰 성공을 거두었다. 1048년 8월 9일 교황 다마수스 2세(Damasus II)가 사망했을 때, 그가 후계자로 선출되어 이듬해 2월 12일 레오 9세라는 이름으로 교황좌에 올랐다.

그는 교회의 고질병이던 성직매매를 금지하기 위하여 로마(Roma) 교회회의를 개최하였고, 특히 사제 독신제를 강화시켰다.

또 그는 남부 이탈리아 지역에 대한 세속권을 받음으로써 교황령을 크게 확장시켰으나 잡음은 그치지 않았다. 1087년 교황 복자 빅토르 3세(Victor III, 9월 16일)는 그의 시신을 발굴하여 성 베드로 대성전에 안장하였다.